O atual território
do município, na época da chegada dos primeiros europeus, era habitado pelos índios pitaguaris, Jaçanaú, Mucunã e Cágado. Dos aldeamentos
destas etnias, surgiu o povoamento da Lagoa de Maracanaú e, depois, o das
lagoas de Jaçanaú e Pajuçara.
No ano de 1649,
estes índios receberam a visita dos holandeses,
que cartografaram as roças de mandioca e milho, bem como os caminhos indígenas,
durante a expedição em busca das minas de prata na Serra de Maranguape e Taquara. As ditas roças de mandioca e
milho foram expandidas durante o tempo em que Mathias Beckadministrou o Ceará a partir
de sua base militar e administrativa: o Forte
Schoonenborch.
Maracanaú figurou
como parte de Maranguape até que este, em 1875, viu-se diante de uma grande transformação, com a
inauguração da Estrada
de Ferro de Baturité e a estação de trem. No século XX, cresceu o povoamento em torno de quatro instituições: o
trem metropolitano - ramal Maranguape/Fortaleza, o Sanatório de Maracanaú (hoje
Hospital Municipal), a Colônia Antônio Justa e o Instituto Carneiro de Mendonça
– Centro de Reabilitação de Menores.
Nos anos 1970,
Maracanaú sofreu uma grande transformação quando foi escolhido para sediar o Distrito
Industrial de Fortaleza.
Em 1983, Maracanaú
emancipou-se definitivamente de Maranguape, através da ação política do
Movimento Pela Emancipação de Maracanaú, uns agrupamentos de políticos com
interesses diretamente ligados a Maracanaú.
Os vereadores da
Câmara Municipal de Maranguape deram um forte apoio à luta pela emancipação do município.
Após a conquista
da condição de município, o primeiro prefeito eleito foi Almir Freitas Dutra. Ele, no entanto, veio a ser assassinado
em 27 de fevereiro de 1987. A prefeitura passou, então, a ser administrado pelo
vice-prefeito José Raimundo.
